? ? 生物樣本庫(kù),尤其是醫(yī)院一體化的腫瘤生物樣本庫(kù)(HITB)的數(shù)量在全球不斷增加。眾多科學(xué)研究特別是轉(zhuǎn)化及臨床研究對(duì)人類(lèi)生物資源需求日益增加,使得生物樣本庫(kù)得到快速發(fā)展??蒲薪Y(jié)果的穩(wěn)定性及可重復(fù)性更多地依賴(lài)于生物標(biāo)本及相關(guān)臨床數(shù)據(jù)的質(zhì)量。研究結(jié)果還取決于所研究的患者例數(shù)以及生物樣本庫(kù)的專(zhuān)業(yè)性。生物樣本庫(kù)的質(zhì)量,毫無(wú)疑問(wèn)體現(xiàn)在利用生物樣本庫(kù)提供的生物樣本開(kāi)展科研項(xiàng)目的數(shù)量和質(zhì)量。由于研究項(xiàng)目的質(zhì)量可以由發(fā)表文章的影響因子來(lái)衡量,這也為研究生物樣本庫(kù)的質(zhì)量提供了一個(gè)參考。對(duì)生物樣本庫(kù)來(lái)說(shuō),我們有必要定義一些“替代”的質(zhì)量評(píng)價(jià)指標(biāo),建立衡量當(dāng)前和未來(lái)資源需求的評(píng)價(jià)系統(tǒng)。這些指標(biāo)將有助于研究機(jī)構(gòu)和資助方對(duì)生物樣本庫(kù)進(jìn)行切實(shí)可行的評(píng)估,有助于生物樣本庫(kù)實(shí)現(xiàn)自身的價(jià)值,提高自身的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn),獲取資金資助。鑒于生物樣本庫(kù)需要昂貴的設(shè)施維護(hù),特別是鑒于當(dāng)前的經(jīng)濟(jì)環(huán)境,資金問(wèn)題就顯得尤為重要。性能指標(biāo)的利用也有助于生物樣本庫(kù)的影響因子或“生物資源研究影響因子(BRIF)”的發(fā)展。由此我們?cè)u(píng)價(jià)了用于評(píng)估HITB的四大類(lèi)指標(biāo)(質(zhì)量,效能,科學(xué)產(chǎn)出以及“關(guān)注度”)。此外,我們還提出了一個(gè)評(píng)分系統(tǒng)來(lái)衡量選定的指標(biāo)。
? ? 介紹
? ? 鑒于歐洲及世界其他地區(qū)生物樣本庫(kù)的巨大數(shù)量以及各國(guó)研究機(jī)構(gòu)之間競(jìng)爭(zhēng),因此利用一些指標(biāo)來(lái)評(píng)價(jià)樣本庫(kù)在多大程度上能夠滿(mǎn)足不同個(gè)人或公共平臺(tái)的需要是非常重要的。醫(yī)院一體化腫瘤生物樣本庫(kù)(HITB)可以提供單純的生物標(biāo)本或者提供一系列用于特定研究的樣本,這些特定研究包括用于更好地理解疾病病理生理學(xué)特征,驗(yàn)證新的診斷,預(yù)后和/或治療方法的生物標(biāo)志物等。在這方面,越來(lái)越多研究需要附帶臨床數(shù)據(jù)的高質(zhì)量的生物資源,這些科研需求也要求HITBs在生物樣本提交申請(qǐng)和生物樣本發(fā)放之間具有較短的周期。
? ? 這篇文章的目的是評(píng)估幾個(gè)潛在的可用的指標(biāo),衡量它們作為HITB評(píng)估工具的優(yōu)點(diǎn)和注意事項(xiàng)。由不同利益共享者和投資機(jī)構(gòu)建立與常規(guī)使用的生物樣本庫(kù)性能指標(biāo)可以?xún)?yōu)化HITB操作,確保其可持續(xù)性。
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? ? HITB績(jī)效指標(biāo)的分類(lèi)
? ? 為了覆蓋HITB操作的各個(gè)方面,我們已經(jīng)從相關(guān)因素中確立了四大類(lèi)別的績(jī)效指標(biāo),包括:1)質(zhì)量;2)收集活動(dòng);3)科學(xué)產(chǎn)出;4)對(duì)外傳播和交流。根據(jù)它們對(duì)生物樣本庫(kù)管理潛在價(jià)值和重要性,進(jìn)行主觀評(píng)分(系數(shù))分配給四類(lèi)的每一項(xiàng)。在此所列項(xiàng)目不是全部?jī)?nèi)容,將來(lái)根據(jù)HITB的發(fā)展策略方向可包含更多其他標(biāo)準(zhǔn)。為了對(duì)生物樣本庫(kù)不同的任務(wù)和發(fā)展方向進(jìn)行可比性的評(píng)估,評(píng)分系統(tǒng)需要進(jìn)行不斷調(diào)整。一方面是生物樣本庫(kù)單純地為個(gè)人或公共平臺(tái)提供服務(wù),另一方面是生物樣本庫(kù)在開(kāi)展科學(xué)項(xiàng)目以及開(kāi)展自己的研究中發(fā)揮積極作用。根據(jù)其內(nèi)部組織、動(dòng)機(jī)和業(yè)務(wù)計(jì)劃,一個(gè)HITB可以具備一個(gè)方面的功能或兩者兼?zhèn)?。衡量HITB在研究工作中貢獻(xiàn)的程度和比例很重要。生物樣本庫(kù)除了“簡(jiǎn)單”地提供生物資源,還包括進(jìn)行一些分析測(cè)定和實(shí)驗(yàn),收集和更新臨床數(shù)據(jù)并最終解釋實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。對(duì)于HITB與其他醫(yī)院的資源科室(例如,病理科與分子診斷部門(mén))之間建立合作關(guān)系的程度和質(zhì)量以及其他致力于研究活動(dòng)的資源科室和部門(mén)也需要進(jìn)行評(píng)估。
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? ? 質(zhì)量相關(guān)指標(biāo)
? ? HITB質(zhì)量的性能指標(biāo)和每個(gè)指標(biāo)相應(yīng)的得分點(diǎn)(系數(shù))都列在表1中。
? ? 表1:生物樣本庫(kù)績(jī)效指標(biāo)與質(zhì)量
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? ? 樣品質(zhì)量
? ? 冷凍組織樣品的形態(tài)學(xué)質(zhì)量是一個(gè)重要的參數(shù)。這一點(diǎn)顯示出病理學(xué)家和生物樣本庫(kù)管理者之間的緊密協(xié)作的必要性。冷凍組織是形態(tài)學(xué)控制質(zhì)控收集的代表。我們使用不同生化和/或分子生物學(xué)方法來(lái)分析來(lái)自于特定目標(biāo)的病變組織樣本。這對(duì)于“組學(xué)”項(xiàng)目進(jìn)一步的發(fā)展是尤為重要的,因?yàn)椴煌哪[瘤細(xì)胞的相對(duì)比例,間質(zhì)細(xì)胞和炎癥細(xì)胞浸潤(rùn),以及壞死的存在等結(jié)果會(huì)引起組學(xué)結(jié)果產(chǎn)生較大變異。組織樣品的形態(tài)學(xué)評(píng)估可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)室實(shí)際情況采取不同方法來(lái)完成,每種方法都有的各自?xún)?yōu)缺點(diǎn)。一種方法是,以甲醛固定,石蠟包埋(FFPE)與冷凍組織鏡像的組織樣品,并進(jìn)行染色切片由生物樣本庫(kù)評(píng)估和歸檔。這種方法的缺點(diǎn)是,F(xiàn)FPE組織樣品可能不能夠準(zhǔn)確地代表整個(gè)冷凍組織標(biāo)本。然而,該方法允許在全部和二級(jí)組織芯片進(jìn)行平行的免疫組化研究。為了高質(zhì)量收集與保存組織樣本,可以將FFPE組織塊保存于4℃環(huán)境,這對(duì)于長(zhǎng)期的分子生物學(xué)分析來(lái)說(shuō),或許是很好的做法。
? ? 另一種方法是冷凍前對(duì)組織標(biāo)本執(zhí)行印記細(xì)胞學(xué)檢測(cè)。這種方法可以在冷凍之前快速檢查腫瘤病灶是否真的存在足夠數(shù)量的腫瘤細(xì)胞。然而,由于印記不能體現(xiàn)組織結(jié)構(gòu),因此形態(tài)學(xué)質(zhì)量控制不完全可靠。此外,使用該方法時(shí)具有組織樣本外部污染的潛在風(fēng)險(xiǎn)。
? ? 最后,另一種方法是提取核酸和/或蛋白質(zhì)之前立即切下選定的組織的冰凍切片。這種方法也被稱(chēng)為“三明治技術(shù)”,因?yàn)橛糜谛螒B(tài)學(xué)分析的組織切片必須與要提取核酸和/或蛋白質(zhì)的樣本來(lái)源同一份組織標(biāo)本。對(duì)冷凍組織來(lái)說(shuō),這種方法是非常好的形態(tài)學(xué)(腫瘤細(xì)胞的百分比,壞死的區(qū)域,基質(zhì)成分)質(zhì)控方法。然而,這會(huì)引起整個(gè)的冷凍組織樣品溫度產(chǎn)生變化,- 80℃或以下上升到至少- 20℃(中低溫恒溫器的溫度)。如果組織標(biāo)本的其余部分需要返回到較低溫度保存以用于未來(lái)研究,那么這可能是這種質(zhì)控方法的一個(gè)缺點(diǎn)。此外,使用此程序會(huì)產(chǎn)生外部污染。無(wú)論實(shí)驗(yàn)室采用哪一種形態(tài)學(xué)質(zhì)控方法,最重要的是通過(guò)軟件獲得對(duì)應(yīng)組織學(xué)影像,這樣可以對(duì)來(lái)同一塊冷凍組織獲得的生化和/或分子數(shù)據(jù)進(jìn)行形態(tài)學(xué)比較。通過(guò)“促進(jìn)研究質(zhì)量的組織學(xué)報(bào)告,(BRISQ)”的建議,關(guān)于顯微鏡下組織學(xué)形態(tài)的標(biāo)準(zhǔn)已經(jīng)建立。
? ? 評(píng)估從冷凍的生物樣本提取的核酸的質(zhì)量也是非常重要的。DNA比RNA或蛋白的更'耐受熱或冷缺血的時(shí)間以及福爾馬林固定。需要注意的是,即使分析前時(shí)間不是最佳的,但某些DNA樣品依然可以成功地用于檢測(cè)腫瘤樣品中的基因組的改變。相反,其他研究項(xiàng)目,特別是那些使用RNA的研究項(xiàng)目,需采用高品質(zhì)冷凍生物標(biāo)本完成,RNA的質(zhì)量必須用生物分析儀檢測(cè)。廣泛認(rèn)為大多數(shù)轉(zhuǎn)錄研究中組織標(biāo)本的RNA完整性數(shù)(RIN)必須大于7。然而,這種設(shè)定也是疑問(wèn)的,因?yàn)槟承┠[瘤病癥通常存在壞死區(qū)域或具有大量低氧細(xì)胞,所以以RIN值等于7來(lái)判斷可能不適合某些人體組織標(biāo)本。RIN值高于7僅代表RNA質(zhì)量高,但一個(gè)較高RIN值即使手術(shù)切除之前也不能反映大多數(shù)腫瘤的“質(zhì)量狀況”的真實(shí)狀態(tài)。鑒于此,一些組織腫瘤樣品(例如,肺,胰臟,和中樞神經(jīng)系統(tǒng))即使冷凍前只有短暫缺血時(shí)間也會(huì)具有非常低的RIN。無(wú)論研究項(xiàng)目的要求是什么,HITB能夠證明他們的樣品的不同分析前步驟和參數(shù)的有效性和管理,記錄冷缺血時(shí)間,如果可能還包括熱缺血,冷凍的時(shí)長(zhǎng),石蠟包埋之前福爾馬林固定的時(shí)間,和歸檔周期的時(shí)間是很關(guān)鍵的。
? ? 可提供的標(biāo)本和組織的數(shù)量也是一個(gè)質(zhì)量指標(biāo),凍存管中冷凍組織樣品的總重量應(yīng)在提供生物標(biāo)本進(jìn)行研究項(xiàng)目之前進(jìn)行評(píng)估。所有冷凍管組織標(biāo)本應(yīng)在冷凍前用精密天平進(jìn)行測(cè)量。在這方面,為了更好地控制生物樣本分發(fā)的數(shù)量,許多HITBs只提供提取好的核酸和/或蛋白質(zhì)給申請(qǐng)者。
? ? 不同來(lái)源的可用的生物樣本如組織(冷凍和/或FFPE);核酸(體細(xì)胞和生發(fā)DNA,RNA,微小RNA)和蛋白質(zhì);生物體液(全血,血漿/血清,胸膜液,尿液,唾液液等);和/或來(lái)自相同患者隊(duì)列的原代細(xì)胞培養(yǎng)等可以為研究項(xiàng)目提供附加值。例如,針對(duì)生物標(biāo)記的發(fā)現(xiàn)和/或驗(yàn)證的項(xiàng)目可以從組織和體液標(biāo)本獲得的數(shù)據(jù)。此外,從相同群體的病人中獲得冷凍和固定的組織(以及組織芯片)可用于驗(yàn)證蛋白的表達(dá)。最后,在HITB發(fā)展原代細(xì)胞培養(yǎng)對(duì)使用小鼠異種移植物模型的臨床前研究項(xiàng)目或在體外細(xì)胞藥物毒性檢測(cè)起到重要作用。然而最重要的是我們要有最佳生物樣本質(zhì)量控制方法。
匹配冷凍的“正?!苯M織(或至少匹配非腫瘤組織)與腫瘤組織生物樣本一起經(jīng)常用于轉(zhuǎn)錄研究。這種對(duì)照組織的可用性是HITBs另一個(gè)質(zhì)量指標(biāo)。
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? ? 相關(guān)臨床數(shù)據(jù)的質(zhì)量
? ? 除了為了校準(zhǔn)和生物測(cè)試評(píng)估或驗(yàn)證而發(fā)展的技術(shù)項(xiàng)目,所有的轉(zhuǎn)化和臨床研究項(xiàng)目需要與臨床,病理學(xué)和/或生物數(shù)據(jù)與生物資源相關(guān)聯(lián)。對(duì)于腫瘤組織標(biāo)本,病理資料可涉及到大體形態(tài)和/或組織學(xué)結(jié)果(特別是pTNM分期,根據(jù)不同的不斷更新的WHO對(duì)每個(gè)器官定義的分類(lèi)來(lái)確定分期)。對(duì)于組織形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù),最小數(shù)據(jù)集應(yīng)包括腫瘤的類(lèi)型(根據(jù)腫瘤的最新國(guó)際分類(lèi))及編碼(CIM-10和CIMO)。一個(gè)轉(zhuǎn)換碼表必須可獲得并且可被生物樣本庫(kù)軟件應(yīng)用,可以用于在國(guó)家層面。腫瘤細(xì)胞的百分比和壞死區(qū)的百分比要進(jìn)行標(biāo)注。
? ? 對(duì)于一些項(xiàng)目,與腫瘤相關(guān)的基因組改變(突變,易位等)的狀態(tài)應(yīng)當(dāng)予以記錄并公布。
? ? 生物資源相關(guān)聯(lián)的最小數(shù)據(jù)集必須包括基本的人口統(tǒng)計(jì)信息(年齡,性別,出生地點(diǎn)),可提高收集的補(bǔ)充臨床資料以及可能與樣本的病理相關(guān)的信息。例如,這個(gè)補(bǔ)充的數(shù)據(jù)可包括父母出生地或患者種族(根據(jù)本國(guó)家法律規(guī)定);針對(duì)某種特異的病理臨床數(shù)據(jù)(例如,肺癌病人工作暴露情況或吸煙狀態(tài));關(guān)于患者隨訪中獲得的信息(例如,特定疾病的生存,總生存期,無(wú)進(jìn)展生存);以及接受的不同的治療方法。
? ? 通過(guò)一個(gè)的可用性集成,安全和可搜索的數(shù)據(jù)庫(kù)(包括安全進(jìn)入密碼系統(tǒng)和和一個(gè)安全的服務(wù)器環(huán)境)獲得患者特異性信息將提高HITB的功效。
? ?用于數(shù)據(jù)記錄和相關(guān)聯(lián)的質(zhì)量管理系統(tǒng),尤其是用于臨床隨訪和生物學(xué)數(shù)據(jù)的動(dòng)態(tài)系統(tǒng),對(duì)確保持后續(xù)數(shù)據(jù)更新是很關(guān)鍵的。此外,即使獲取報(bào)告和其它質(zhì)量的數(shù)據(jù)也必須被整合到這一系統(tǒng)中。
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? ? 倫理
? ? 普遍認(rèn)為利用人類(lèi)的生物資源研究項(xiàng)目之前必須要獲得知情同意是。一般正歸程序是在使用前患者樣本進(jìn)行研究前需要獲得相應(yīng)的知情同意,這是良好實(shí)踐的重要指標(biāo)。這一要求最近僅僅在某些國(guó)家(例如,法國(guó))討論實(shí)施,遺憾的是,這個(gè)做法并不是所有的國(guó)家是強(qiáng)制性的。此外,在這一領(lǐng)域的法律正在迅速發(fā)生變化;自2004年以來(lái),在法國(guó)已經(jīng)強(qiáng)制性要求研究者進(jìn)行生物標(biāo)本的研究之前需要向患者提供詳細(xì)信息。此外,患者可以拒絕允許使用他/她的生物資源進(jìn)行研究。在一些國(guó)家可以允許研究項(xiàng)目通過(guò)正式倫理審查后獲得豁免同意使用標(biāo)本以及獲得后續(xù)研究的知情同意。當(dāng)然,在某些情況下病人不能給予同意書(shū)(例如,尸檢)。
? ? 知情同意程序的成功率是重要的績(jī)效指標(biāo),也應(yīng)對(duì)用獲得知情同意策略進(jìn)行評(píng)估。
? ? 在簽署知情同意書(shū)的安全的地點(diǎn)進(jìn)行知情同意書(shū)的文件的正規(guī)收集和保存:紙質(zhì)的簽署文件至少有兩份,必須被存儲(chǔ)在不同的位置和/或掃描并在醫(yī)院安全數(shù)據(jù)庫(kù)記載。使用生物標(biāo)本的研究項(xiàng)目前檢查該知情同意書(shū)。
? ? 在知情同意的文件所用的術(shù)語(yǔ)必須是適當(dāng)?shù)模瑧?yīng)該由醫(yī)院倫理委員會(huì)進(jìn)行檢查。盡管這在某些國(guó)家存在爭(zhēng)議,但某些研究項(xiàng)目中使用廣泛同意書(shū)的是可以的。
? ? HITB必須具備保護(hù)患者的個(gè)人數(shù)據(jù)能力,在與合作伙伴共享的生物和臨床資料時(shí)不會(huì)泄露病人身份。
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? ? 其他影響質(zhì)量參數(shù)
? ? 企業(yè)研究合作方通常要求了解握患者的風(fēng)險(xiǎn)狀況包括:人類(lèi)免疫缺陷病毒,B型肝炎和C型肝炎病毒感染等。然而,由于醫(yī)院不強(qiáng)制所有住院患者進(jìn)行病毒血清學(xué)檢測(cè),這需要研究項(xiàng)目增加一些額外費(fèi)用來(lái)檢測(cè)。
? ? 全部或部分樣品備份存在一個(gè)與主生物樣本庫(kù)位置不同的地點(diǎn)也被認(rèn)為是評(píng)估指標(biāo)。罕見(jiàn)腫瘤的樣品備份尤為重要。如果HITB具有不同樣品備份庫(kù),備份庫(kù)也需要與主樣本庫(kù)具有相同水平資質(zhì)認(rèn)證。例如,在法國(guó),HITBs需根據(jù)NFS96-900認(rèn)證體系認(rèn)證。
? ? 對(duì)于樣本申請(qǐng)和轉(zhuǎn)交期間的生物標(biāo)本定位的易用性、產(chǎn)生于周轉(zhuǎn)期間的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)也需要加以評(píng)價(jià)。
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? ? 系數(shù)
? ? 表1中的每個(gè)類(lèi)別的指標(biāo)(系數(shù))分?jǐn)?shù)可以被任意指定。例如,一個(gè)樣品的質(zhì)量得到了20分。這表明,我們建議在對(duì)DNA質(zhì)量,RNA質(zhì)量,樣品數(shù)量,形態(tài)學(xué)質(zhì)量和所有其質(zhì)量類(lèi)別中的其他質(zhì)量評(píng)估,應(yīng)得到一個(gè)滿(mǎn)分20分的總體評(píng)分。我們認(rèn)為對(duì)知情同意倫理的標(biāo)準(zhǔn),也應(yīng)至少與該生物標(biāo)本的內(nèi)在質(zhì)量指標(biāo)有相同的系數(shù)。
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? ? 樣本收集的相關(guān)指標(biāo)
? ? HITB樣本收集的指標(biāo)和相應(yīng)的得分點(diǎn)(系數(shù))列于表2。術(shù)語(yǔ)列出“收集活動(dòng)”不是只專(zhuān)注于分析計(jì)數(shù),也包括其他雜項(xiàng)標(biāo)準(zhǔn)。
? ? 表2.生物樣本庫(kù)活動(dòng)相關(guān)績(jī)效指標(biāo)
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? ? 儲(chǔ)存,供應(yīng),去庫(kù)存化活動(dòng)以及動(dòng)態(tài)策略
? ? 這些項(xiàng)目包括每年生物樣本采集的數(shù)量(組織,生物體液等)以及每年提供的用于研究項(xiàng)目的樣本數(shù)(“每年去庫(kù)存數(shù)”)。這個(gè)指標(biāo)很重要重要的,法國(guó)國(guó)家癌癥研究所(INCA)進(jìn)行的HITB評(píng)估過(guò)程就是個(gè)很好例子。
? ? 測(cè)量存儲(chǔ)和供應(yīng)之間的比率的標(biāo)準(zhǔn)依賴(lài)于:1)收集的類(lèi)型(器官,病理學(xué)); 2)生物標(biāo)本的類(lèi)型(組織,核酸,生物流體等);或3)HITB的全局活動(dòng)。所存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)需要包括每個(gè)病人生物樣本收集的數(shù)量。在法國(guó),可使用在蒙彼利埃建立(法國(guó))專(zhuān)有標(biāo)準(zhǔn)評(píng)估此類(lèi)活動(dòng)。評(píng)價(jià)的不同收集包括,組織生物標(biāo)本的數(shù)量,血漿/血清,石蠟切片,及患者組織樣本包括組織微陣列。這類(lèi)細(xì)致的工作對(duì)HITB全局活動(dòng)的客觀評(píng)價(jià)過(guò)程具有實(shí)際作用。
? ? 針對(duì)每年不同采集計(jì)劃實(shí)施不同的收集策略,以減少或增加每年存儲(chǔ)在HITB的生物標(biāo)本的數(shù)量。這個(gè)“動(dòng)態(tài)的策略方法”與每年采集標(biāo)本支撐的研究項(xiàng)目的數(shù)量以及年度HITB預(yù)算密切相關(guān)。
? ? 如果已有相當(dāng)長(zhǎng)的時(shí)間內(nèi)沒(méi)有項(xiàng)目使用生物樣本,可以刪除對(duì)這類(lèi)標(biāo)本進(jìn)行部分銷(xiāo)毀。
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? ? 人力資源管理
? ? HITB工作隊(duì)伍所要求的人員數(shù)量和類(lèi)型可以從預(yù)先制定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)直接確定。樣品周轉(zhuǎn)(存儲(chǔ)在HITB生物標(biāo)本實(shí)際用于研究項(xiàng)目),對(duì)預(yù)期工作量和規(guī)劃是非常有用的。盡管對(duì)生物標(biāo)本的需求不斷增長(zhǎng),缺乏專(zhuān)門(mén)的技術(shù)工作人員(如病理學(xué)家,生物學(xué)家,實(shí)驗(yàn)技術(shù)員,數(shù)據(jù)管理員,秘書(shū)),可能會(huì)導(dǎo)致HITB進(jìn)行生物樣本建設(shè)遲緩。
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? ? 提供的樣本時(shí)間
? ? 從生物標(biāo)本申請(qǐng)到樣本轉(zhuǎn)移到研究員/合作者之間的周轉(zhuǎn)時(shí)間(TAT)是整個(gè)HITB系統(tǒng)包括HITB團(tuán)隊(duì)(主任,數(shù)據(jù)管理者,病理學(xué)家,生物學(xué)家,技術(shù)人員,秘書(shū)),以及科學(xué)委員會(huì)和醫(yī)院管理(負(fù)責(zé)合同批準(zhǔn)和材料轉(zhuǎn)讓協(xié)定的授權(quán)簽字)的效率的指標(biāo)。
? ? TAT效率通過(guò)調(diào)查來(lái)進(jìn)行評(píng)估:涉及生物標(biāo)本的類(lèi)型和數(shù)量,不同的生物資源的來(lái)源(例如,同一患者的組織,血漿和RNA),及生物樣本相關(guān)的臨床數(shù)據(jù)的數(shù)目和類(lèi)型來(lái)評(píng)價(jià)。針對(duì)不同合同的要求有不同的TATS。
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? ? 生物資源資金成本回收和商業(yè)計(jì)劃
? ? 人類(lèi)生物標(biāo)本的成本回收是很難評(píng)估的,這取決于HITB所在的機(jī)構(gòu)。但是,為HITB建立一個(gè)“定價(jià)政策”是確定在何處以及如何作出投資一個(gè)關(guān)鍵因素。這一點(diǎn)在優(yōu)化HITB管理是很重要的。
? ? HITB制定的定價(jià)政策必須是由醫(yī)院管理層批準(zhǔn)。在生物樣本正式申請(qǐng)前及研究項(xiàng)目確立前價(jià)格標(biāo)準(zhǔn)必須在合同中明確注明。
? ? 清晰的商業(yè)模式對(duì)預(yù)期可持續(xù)性的人力費(fèi)用(維持,減少,或增加),對(duì)HITB設(shè)備的維護(hù),購(gòu)買(mǎi)耗材是必要的。
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? ? 動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)
? ? 其他的雜項(xiàng)指標(biāo),例如每年與私人和/或公共合作方簽訂的合同的數(shù)目可以列入這一類(lèi)。地方,地區(qū),國(guó)家和/或國(guó)際學(xué)術(shù)和/或工業(yè)合作方的合作水平也應(yīng)監(jiān)控。
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? ? 科學(xué)產(chǎn)出的相關(guān)指標(biāo)
? ? HITB科學(xué)產(chǎn)出的性能指標(biāo)和相應(yīng)的得分點(diǎn)(系數(shù))在表3中列出。在評(píng)估公立醫(yī)院的生物樣本庫(kù)的質(zhì)量時(shí),評(píng)估這些指標(biāo)是至關(guān)重要的。具體指標(biāo)的使用取決于特定生物樣本庫(kù)的目標(biāo)。如果生物樣本庫(kù)的主要目標(biāo)是將優(yōu)質(zhì)的人類(lèi)生物資源轉(zhuǎn)移到學(xué)術(shù)和/或私有的合作方以獲得資金,那么科學(xué)產(chǎn)出不作為相關(guān)的或關(guān)鍵的指標(biāo)。相反地,科學(xué)產(chǎn)出對(duì)學(xué)術(shù)生物樣本庫(kù)的評(píng)估是很重要的。在這種情況下,科學(xué)產(chǎn)出還包括團(tuán)隊(duì)的研究專(zhuān)業(yè)性和團(tuán)隊(duì)發(fā)展。生物樣本庫(kù)發(fā)展轉(zhuǎn)化型研究為HITB團(tuán)隊(duì)提供了附加值,通過(guò)增加外部合作激發(fā)團(tuán)隊(duì)發(fā)展。例如,在法國(guó)一項(xiàng)名為“SIGAPS”得分系統(tǒng)(根據(jù)不同的標(biāo)準(zhǔn)如期刊影響因子記錄科學(xué)出版物的軟件系統(tǒng))用于評(píng)估醫(yī)院的部門(mén),其中可能包括在HITB。根據(jù)獲得的分?jǐn)?shù),來(lái)分配不同的資金給相應(yīng)的團(tuán)隊(duì)。
? ? 表3:科學(xué)生產(chǎn)力相關(guān)的生物樣本庫(kù)績(jī)效指標(biāo)
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? ? 科學(xué)出版物
? ? 該指標(biāo)類(lèi)別必須明確界定,因?yàn)橥ǔ6己茈y知道HITB對(duì)一篇發(fā)表的文章的準(zhǔn)確貢獻(xiàn)。此外,生物資源轉(zhuǎn)讓讓給研究人員后,生物樣本庫(kù)很難追蹤樣本的使用和最后結(jié)果。HITB可以采取不同的形式顯示其科學(xué)貢獻(xiàn)。例如,可以在發(fā)表的文章中被列為共同作者;如果生物樣本庫(kù)是主要研究者或是文章的相關(guān)貢獻(xiàn)者,文章應(yīng)列出的生物樣本庫(kù)成員與生物樣本庫(kù)的名稱(chēng)。
? ? 按照目前的一些科學(xué)期刊要求,列為共同作者的生物樣本庫(kù)成員的貢獻(xiàn)應(yīng)在出版物清楚地表明;一般情況下,這種貢獻(xiàn)應(yīng)該比樣本的發(fā)放更具實(shí)質(zhì)性。
? ? 一個(gè)生物樣本庫(kù)成員(例如,主任,病理學(xué)家,生物學(xué)家,技術(shù)人員)在“致謝”中列出并且HITB合作方也應(yīng)包括在內(nèi)。HITB本身也可以在此部分列出。這些署名安排應(yīng)在合同中明確說(shuō)明。
? ? 如果利用提供的生物標(biāo)本產(chǎn)生的科研結(jié)果發(fā)表文章,應(yīng)在''材料與方法”部分中列出HITB。
? ? 該BRIF工作組目前正在開(kāi)發(fā)一系列方法1)基于算法和獨(dú)特的數(shù)字資源標(biāo)識(shí)建立用于評(píng)估生物樣本資源對(duì)科學(xué)研究的作用的工具;2)評(píng)估生物資源在文章引用或致謝部分的信息,以追蹤樣本在研究中的使用。生物樣本庫(kù)的每一個(gè)樣本集將被分配一個(gè)數(shù)字標(biāo)識(shí)符(DOI),它可以在系統(tǒng)提交給出版物時(shí)所使用
? ? 文章的作者應(yīng)遵循BRISQ的建議要求,樣本庫(kù)必須提供所有信息并列于BRISQ中(例如,儲(chǔ)存溫度,保存期限,運(yùn)輸溫度等)。
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? ? 影響因素
? ? 科研工作的質(zhì)量和價(jià)值與當(dāng)前“科學(xué)引文系統(tǒng)”和該文章出版期刊的聲譽(yù)相關(guān)。每個(gè)刊物都有一個(gè)影響因子,科學(xué)期刊越有名,影響因子越高。雖然存在其他標(biāo)準(zhǔn)如出版物索引,但是影響因子是最常用來(lái)評(píng)估研究人員,研究團(tuán)隊(duì)和大型組織機(jī)構(gòu)(例如,部門(mén),醫(yī)院,大學(xué))的指標(biāo)。每年的累計(jì)影響因子值可以以不同的方式計(jì)算(例如,根據(jù)生物庫(kù)成員是否列于文章中;根據(jù)生物庫(kù)成員在作者之間的排位)。對(duì)于存儲(chǔ)在HITB的特殊樣本可統(tǒng)計(jì)它的質(zhì)量和數(shù)量作為影響因子,可以用來(lái)說(shuō)明對(duì)于特殊的的病理部位或器官樣本收集的采集策略。
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? ? 完成的研究
? ? 有必要對(duì)在HITB進(jìn)行研究獲得的專(zhuān)利(如對(duì)生物樣本質(zhì)量評(píng)價(jià)創(chuàng)新的測(cè)試)及研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)使用從HITB獲得的生物標(biāo)本獲得的專(zhuān)利進(jìn)行區(qū)分。
? ? 在生物樣本庫(kù)或主流科學(xué)的領(lǐng)域書(shū)籍或部分章節(jié)都列出了此類(lèi)內(nèi)容。
? ? 科學(xué)委員會(huì)成員組織生物樣本庫(kù)的主題會(huì)議是科學(xué)活動(dòng)的一個(gè)指標(biāo)。
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? ? 交流
? ? HITB成員在國(guó)家和國(guó)際會(huì)議中進(jìn)行講座和提交海報(bào)或所提交的摘要中作者署名是HITB成員可以認(rèn)定是HITB的交流活動(dòng)。
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? ? 研究經(jīng)費(fèi)
? ? 成功獲得研究經(jīng)費(fèi)是HITB的一個(gè)重要指標(biāo),國(guó)家和國(guó)際經(jīng)費(fèi)需要得到認(rèn)可。另外應(yīng)區(qū)分經(jīng)費(fèi)是由HITB本身活動(dòng)獲得還是通過(guò)與HITB(從HITB中獲得樣本)相關(guān)的研究團(tuán)隊(duì)獲得。
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? ? 系數(shù)
? ? 基于每年累積影響因子以及所獲得的經(jīng)費(fèi)計(jì)算。
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? ? 對(duì)外傳播和交流相關(guān)指標(biāo)
涉及到HITB的對(duì)外傳播和交流的性能指標(biāo)及每個(gè)指標(biāo)的得分(系數(shù))列于表4。這類(lèi)不同項(xiàng)目指標(biāo)旨在確定HITB在地方,區(qū)域,國(guó)家和國(guó)際層面的知名度。隨著世界各地HITBs的數(shù)量正在增加,形成了一個(gè)競(jìng)爭(zhēng)環(huán)境,提高其知名度是樣本庫(kù)人員的工作的一個(gè)重要部分。
? ? 表4.生物樣本庫(kù)對(duì)外傳播和交流相關(guān)的績(jī)效指標(biāo)
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? ? 認(rèn)證,認(rèn)可和標(biāo)識(shí)
? ? HITB認(rèn)證主要與使用生物資源的研究項(xiàng)目相關(guān),而不是直接關(guān)聯(lián)患者醫(yī)療診治。一個(gè)生物樣本庫(kù)可以通過(guò)多種認(rèn)證,如ISO9001質(zhì)量管理體系。NFS96-900是另一個(gè)質(zhì)量管理體系,也是一項(xiàng)法國(guó)生物樣本庫(kù)的專(zhuān)門(mén)的認(rèn)證;該規(guī)范可在未來(lái)發(fā)展成為一個(gè)ISO,或國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)。
? ? ISO 17025標(biāo)準(zhǔn)提供檢測(cè)和校準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室的能力認(rèn)證,可用于建立樣品轉(zhuǎn)運(yùn)的質(zhì)量。某些認(rèn)證資格,如ISO15189比較合適的醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室;這可以歸因于HITB樣品致力于診斷,預(yù)測(cè)預(yù)后和/或住院患者的治療診斷。
? ? 在法國(guó),具有“IBISA”的認(rèn)證說(shuō)明該生物樣本庫(kù)有這方面的技術(shù)平臺(tái),并且它可利用生物標(biāo)本發(fā)展創(chuàng)新項(xiàng)目(例如,核酸提取的改進(jìn))。
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? ? 協(xié)作網(wǎng)絡(luò)和合作
? ? HITB廣泛參與在國(guó)內(nèi)和國(guó)際協(xié)作網(wǎng)絡(luò),說(shuō)明該樣本庫(kù)在生物樣本庫(kù)領(lǐng)域的認(rèn)可程度。全世界存在大量HITB網(wǎng)絡(luò)。在法國(guó),已經(jīng)針對(duì)不同類(lèi)型的生物樣品,如肝或肺腫瘤,淋巴瘤以及肉瘤或間皮瘤的創(chuàng)建了不同的疾病網(wǎng)絡(luò)。
? ? 可以建立一些集中在某一病理疾病的研究項(xiàng)目相關(guān)HITBs的網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)這些網(wǎng)絡(luò),特定研究項(xiàng)目可集中獲得中罕見(jiàn)疾病的生物標(biāo)本。
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? ? 生物樣本庫(kù)協(xié)會(huì)成員
? ? 在法國(guó),INCa已經(jīng)組建了一個(gè)國(guó)家層面的專(zhuān)家小組,以促進(jìn)良好地利用生物標(biāo)本。該小組定期提供在不同領(lǐng)域生物樣本庫(kù)的詳細(xì)指導(dǎo),例如為HITB主管和醫(yī)院主管提供樣品定價(jià)樣本經(jīng)濟(jì)成本回收的指導(dǎo)。
? ? 近年來(lái)已經(jīng)建立多種國(guó)際生物樣本庫(kù)組織,如生物樣本庫(kù)與生物分子資源研究協(xié)會(huì)(BBMRI),國(guó)際生物與環(huán)境庫(kù)(ISBER),以及歐洲,生物保存和生物樣本庫(kù)中東和非洲協(xié)會(huì)(ESBB)。通過(guò)組織專(zhuān)題討論會(huì),以及建設(shè)指南的傳播,這些不同的組織共享HITBs流程和理念,提高HITBs的活動(dòng)。樣本庫(kù)管理者和員工應(yīng)該掌握該領(lǐng)域的最新發(fā)展情況。
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? ? 教育計(jì)劃和信息傳播
? ? HITBs的發(fā)展和工作的特殊性導(dǎo)致一個(gè)新的職業(yè)發(fā)展。很明顯,HITB的管理必須是由已經(jīng)獲得了必要的知識(shí)和技能的“生物樣本庫(kù)職員”來(lái)完成。在HITBs工作的職員來(lái)自各種專(zhuān)業(yè)(例如,病理學(xué)家,生物學(xué)家,技術(shù)人員,數(shù)據(jù)管理,科學(xué)家,質(zhì)量控制,統(tǒng)計(jì)學(xué)家),每個(gè)行專(zhuān)業(yè)的人都對(duì)HITBs作出具體貢獻(xiàn)。 HITB管理人員和工作人員負(fù)責(zé)HITB包括質(zhì)量控制程序,數(shù)據(jù)管理,建立合同和樣本轉(zhuǎn)移協(xié)議和業(yè)務(wù)發(fā)展規(guī)劃的工作。出于這樣的原因,為HITB管理者和員工提供繼續(xù)專(zhuān)業(yè)培訓(xùn)的機(jī)會(huì)是很關(guān)鍵的。
? ? 對(duì)生物樣本庫(kù)專(zhuān)員進(jìn)行不同級(jí)別的培訓(xùn),如通過(guò)組織不同的HITB內(nèi)部會(huì)議;或讀取學(xué)位,如醫(yī)學(xué)或科學(xué)的碩士文憑。舉個(gè)例子,法國(guó)已建立了致力于生物樣本庫(kù)管理的碩士學(xué)位。其他生物樣本庫(kù)教育計(jì)劃最近也被開(kāi)發(fā)出來(lái),如國(guó)際生物樣本庫(kù)教育課程。
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? ? HITB團(tuán)隊(duì)的人員能力
? ? 參加HITB培訓(xùn)課程及獲得文憑的人數(shù)能夠證明HITB人員的能力。同樣要考慮到HITB成員的互補(bǔ)能力(例如,醫(yī)藥類(lèi),信息學(xué),生物科學(xué)的人員)。
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? ? 綜合或關(guān)聯(lián)相關(guān)技術(shù)平臺(tái)
? ? HITBs可以建立整合到HITB內(nèi)的技術(shù)平臺(tái)或通過(guò)合作與HITB相關(guān)聯(lián)的不同技術(shù)平臺(tái)進(jìn)行協(xié)作。
? ? 具體的例子包括核酸提取和質(zhì)量控制(分光光度計(jì),生物分析儀)的平臺(tái);生物病理學(xué)平臺(tái)(石蠟包埋組織,組織微陣列,免疫組織化學(xué),原位雜交);分子生物學(xué)平臺(tái)(DNA循測(cè)序);轉(zhuǎn)錄組學(xué)平臺(tái)(掃描儀不同的芯片,生物信息學(xué)的專(zhuān)業(yè)知識(shí));和其他更專(zhuān)業(yè)的平臺(tái),包括激光捕獲顯微切割,原代細(xì)胞培養(yǎng)和蛋白質(zhì)組分析。該指標(biāo)不適用評(píng)價(jià)那些只進(jìn)行生物樣品的安全存儲(chǔ)的,不參與轉(zhuǎn)化和臨床研究項(xiàng)目的HITBs。
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? ? 市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)活動(dòng)及患者參與
? ? 可以通過(guò)不同形式的營(yíng)銷(xiāo)增加生物樣本庫(kù)的知名度。包括建立一個(gè)網(wǎng)站,用HITB宣傳冊(cè)傳播,并組織會(huì)議或發(fā)表關(guān)于HITB的文章。生物樣本庫(kù)應(yīng)該在宣傳他們的所有的資源和獲取樣本的流程。參與的患者和HITB委員會(huì)患者代表也應(yīng)考慮在內(nèi)。
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? ? 商業(yè)合作伙伴
? ? 這是HITB展示其迅速提供高品質(zhì)的生物標(biāo)本的能力的最重要指標(biāo)之一,也是最具吸引力的指標(biāo)。這個(gè)指標(biāo)還可提供樣本庫(kù)可持續(xù)性、已有能力以及樣本庫(kù)私有資金的證明。與商業(yè)伙伴合作可以通過(guò)科學(xué)合作(例如,專(zhuān)利,交流,發(fā)表文章),或無(wú)科學(xué)合作可以通過(guò)協(xié)議進(jìn)行樣本的轉(zhuǎn)送。但也必須承認(rèn),由于不同地區(qū)的觀念和規(guī)定,一些HITB可能會(huì)阻止此類(lèi)商業(yè)合作關(guān)系的發(fā)展。
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? ? 系數(shù)
? ? 在“對(duì)外傳播和交流的指標(biāo)”類(lèi)別中,我們認(rèn)為應(yīng)為國(guó)際網(wǎng)絡(luò)和與商業(yè)伙伴進(jìn)行科研合作賦予相對(duì)較高的系數(shù)。
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? ? 利用每個(gè)類(lèi)別的評(píng)分系數(shù)對(duì)HITB考核的新體系
? ? 評(píng)估的等級(jí)系統(tǒng)是永遠(yuǎn)不會(huì)完美,他們有時(shí)結(jié)論也很武斷。然而,基于不同類(lèi)別的得分系數(shù)整合成綜合大類(lèi)建立的體系,可以對(duì)HITB工作進(jìn)行客觀的評(píng)比。最關(guān)鍵的焦點(diǎn)可能是每個(gè)項(xiàng)目所確定各系數(shù)的值。系數(shù)分配非常繁雜,但在將來(lái)這種情況可能得到改善。根據(jù)使用績(jī)效指標(biāo)四個(gè)大類(lèi)中每一類(lèi)獲得的總的值,可分為五個(gè)不同的等級(jí)(圖1):A +或'優(yōu)秀'(>200分); A或'非常好''(150-200分); B或'好''(120-150分); C或'適度''(100-120分);和D或“”弱“”(<100分)。
? ? 圖1.利用每個(gè)類(lèi)指標(biāo)的分配系數(shù)制定HITB評(píng)估方案的總體建議框架
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? ? 結(jié)論
? ? HITBs“績(jī)效指標(biāo)”的建立旨在保障不同操作流程的質(zhì)量,特別是那些獲得簽定或認(rèn)證之前的程序。這些指標(biāo)可以幫助HITB實(shí)現(xiàn)持續(xù)優(yōu)化。以上的詳細(xì)指標(biāo),也可以用于評(píng)估HITB其他相關(guān)標(biāo)準(zhǔn),如通過(guò)發(fā)表科學(xué)論文的為樣本庫(kù)帶來(lái)的附加價(jià)值。上述列出來(lái)的項(xiàng)目不是最終的或是硬性的規(guī)定。我們希望在未來(lái)能夠增加標(biāo)準(zhǔn)來(lái)全面評(píng)估HITB的工作。HITB的研究活動(dòng)可以用不同方法進(jìn)行評(píng)價(jià):根據(jù)轉(zhuǎn)化成果、臨床研究評(píng)估,還可根據(jù)其他指標(biāo),如獲取專(zhuān)利,開(kāi)展咨詢(xún)活動(dòng)和不同的專(zhuān)業(yè)培訓(xùn),以及國(guó)家或國(guó)際組織的研討會(huì)。
? ? BRIF項(xiàng)目的實(shí)施(HTTP//www.gen2phen.org/groups/brif-bio-resource-impact-factor)已經(jīng)為HITBs迅速地確定了指標(biāo)。隨著時(shí)間的進(jìn)展,發(fā)布年度進(jìn)展報(bào)告(例如,在過(guò)去的2年法國(guó)要求由INCA列明)是的HITB活動(dòng)的另一個(gè)可作為補(bǔ)充評(píng)估指標(biāo)。
? ? HITBs通常不經(jīng)過(guò)科學(xué)的評(píng)估(例如,在法國(guó),研究機(jī)構(gòu)INSERM或CNRS不進(jìn)行評(píng)估)。目前,沒(méi)有任何的評(píng)級(jí)系統(tǒng)可以產(chǎn)生“優(yōu)秀樣本庫(kù)”稱(chēng)號(hào),因此無(wú)法通過(guò)這種方法來(lái)獲得資金。一個(gè)可能的原因是沒(méi)有對(duì)HITBs進(jìn)行包括客觀的標(biāo)準(zhǔn)的評(píng)估。因此,建立績(jī)效指標(biāo)可能有利于創(chuàng)建這樣一個(gè)評(píng)估過(guò)程。本次審查中采用的系數(shù)是公開(kāi)討論的,特別是HITB項(xiàng)目類(lèi)別,未來(lái)可能還會(huì)修改。事實(shí)上,一些HITBs只是開(kāi)展特定的樣本采集,存儲(chǔ)和將樣本轉(zhuǎn)送公開(kāi)或個(gè)別的研究者中,這些HITBs往往不能參與科研項(xiàng)目。在這種情況下,生物樣本庫(kù)科學(xué)產(chǎn)出相關(guān)的指標(biāo)將不適用。
? ? 提供分級(jí)的評(píng)分,如A +,A,B,C或D受到“現(xiàn)場(chǎng)操作者”的推崇,因此可以給HITB的工作進(jìn)行概述。其他人可能對(duì)評(píng)級(jí)系統(tǒng)持一種否定態(tài)度。然而,世界各地HITBs的多重性,增加了基礎(chǔ)設(shè)施的整體成本,這對(duì)確保工作人員在HITB工作的可持續(xù)性是很重要的。這就迫切需要對(duì)HITBs進(jìn)行評(píng)估,檢查他們?cè)谵D(zhuǎn)化和臨床研究提供高質(zhì)量的樣本功效。在這里所描述的評(píng)估HITBs的結(jié)果可以通過(guò)不同的方式改善工作,尤其是優(yōu)化特定樣本的收集。不同的HITBs的協(xié)同方案合作,可以獲得大量的高品質(zhì)的生物標(biāo)本支持優(yōu)秀的研究項(xiàng)目。